Die La Jolla Cove bildet das Zentrum des San Diego-La Jolla Underwater Park, eines 6.000 Hektar großen Meeresschutzgebiets, das 1971 gegründet wurde, um eine der dichtesten Konzentrationen an Kelpwald-Biodiversität in Kalifornien zu schützen. Das Reservat untersagt das Sammeln von Muscheln und das Speerfischen, was es Leopardenhaien, Hornhaien und kalifornischen Langusten ermöglicht, in Gewässern zu gedeihen, die ganzjährig eine durchschnittliche Sichtweite von 18 Metern bieten. Riesentang — Macrocystis pyrifera, der am schnellsten wachsende Organismus der Welt — verankert Unterwasserwälder, die sich drei Stockwerke hoch vom Meeresboden bis zur Oberfläche erstrecken. Ihre goldenen Wedel bieten Schutz für Garibaldi, den offiziellen Staatsfisch Kaliforniens, und Schwärme von Blacksmith-Riffbarschen. Die geologische Dramatik offenbart sich in sieben Meereshöhlen, die über 10.000 Jahre durch Wellenbewegung in die Sandsteinklippen gegraben wurden. Die Sunny Jim Cave, die über einen 1902 gegrabenen 145-stufigen Tunnel zugänglich ist, ist die einzige vom Land aus erreichbare Höhle; die verbleibenden sechs können nur bei ruhiger See mit Wasserfahrzeugen befahren werden. Kajak- und Bootstouren navigieren bei entsprechenden Gezeitenverhältnissen durch diese Kammern und enthüllen Bogenformationen und Lichtschächte, die Kolonien von ockerfarbenen Seesternen an den Höhlenwänden beleuchten. Im Sommer und Herbst ziehen die meisten Leopardenhaie zu den sandigen Ebenen nördlich der Bucht — trächtige Weibchen wandern zwischen Juni und Oktober hierher, ihre gefleckten Körper sind im knietiefen Wasser sichtbar, während sie sich vor der Geburt ausruhen. Schnorchelexpeditionen starten vom kleinen Halbmondstrand am 1100 Coast Boulevard, wo die Parkplätze an Wochenenden bereits ab 08:00 Uhr belegt sind. Ausrüster stellen Neoprenanzüge bereit, die für die Wassertemperaturen des Pazifiks ausgelegt sind, welche zwischen 14 °C im Winter und 20 °C im Spätsommer liegen. Die äußere Grenze des Reservats erstreckt sich 180 Meter von der mittleren Hochwasserlinie und schafft einen geschützten Korridor, in dem der Bootsverkehr verlangsamt wird und Ankern verboten ist. Die Unterwassertopografie reicht von flachen Geröllfeldern in drei Metern Tiefe bis zu Kelp-Baldachinen in 18 Metern Tiefe und bietet Lebensraum für über 60 Fischarten und mehr als 200 wirbellose Arten, die seit der Gründung des Reservats vom Scripps Institution of Oceanography dokumentiert wurden.