La Jolla Cove è il fulcro del San Diego-La Jolla Underwater Park, una riserva marina di 6.000 acri istituita nel 1971 per proteggere una delle concentrazioni più dense di biodiversità di foreste di kelp della California. La riserva proibisce la raccolta di conchiglie e la pesca subacquea, consentendo a squali leopardo, squali cornuti e aragoste della California di prosperare in acque che godono di una visibilità media di 18 metri tutto l'anno. Il kelp gigante — Macrocystis pyrifera, l'organismo a crescita più rapida al mondo — ancora foreste sottomarine che si estendono per tre piani dal fondale alla superficie, con le sue fronde dorate che offrono rifugio ai garibaldi, il pesce marino ufficiale della California, e a branchi di damigelle nerastre. Il dramma geologico si manifesta in sette grotte marine scavate nelle scogliere di arenaria da 10.000 anni di azione delle onde. La Sunny Jim Cave, accessibile tramite un tunnel di 145 gradini scavato nel 1902, rimane l'unica grotta raggiungibile via terra; le restanti sei possono essere visitate solo tramite imbarcazioni durante i periodi di calma. I tour in kayak e in barca navigano attraverso queste camere quando le condizioni di marea lo consentono, rivelando formazioni ad arco e fasci di luce che illuminano le colonie di stelle marine ocra aggrappate alle pareti delle grotte. L'estate e l'autunno portano la maggiore concentrazione di squali leopardo sulle distese sabbiose a nord della caletta: le femmine gravide migrano qui tra giugno e ottobre, con i loro corpi maculati visibili in acque basse mentre riposano prima di partorire. Le spedizioni di snorkeling partono dalla piccola spiaggia a mezzaluna al 1100 di Coast Boulevard, dove i parcheggi si riempiono entro le 08:00 nei fine settimana. Gli operatori forniscono mute adatte alle temperature dell'acqua del Pacifico che oscillano tra i 14°C in inverno e i 20°C a fine estate. Il confine al largo della riserva si estende per 180 metri dalla linea di alta marea media, creando un corridoio protetto dove il traffico di barche rallenta ed è vietato l'ancoraggio. La topografia sottomarina spazia da campi di massi poco profondi a tre metri fino a strapiombi di kelp che raggiungono i 18 metri, offrendo habitat a oltre 60 specie di pesci e più di 200 varietà di invertebrati documentate dallo Scripps Institution of Oceanography sin dalla fondazione della riserva.